Każdy szanujący siebie akwarysta powinien wiedzieć, co to jest cykl azotowy. W każdym akwarium niezależnie od jego wielkości, następuje nie widoczna dla obserwatora, a mająca poważne skutki w razie zachwiania jej równowagi przemiana amoniaku/jonów amonowych->Azotyny->Azotany. Aby mierzyć stężenia tych związków musimy nabyć testy dostępny prawie w każdym sklepie zoologicznym. Pierwszym związkiem chemicznym, jaki powstaje z biologicznego rozkładu resztek pokarmowych i odchodów, czy obumarłych resztek roślinnych w zależności od pH jest amoniak, bądź jony amonowe. Dlaczego w zależności od pH? Otóż, gdy w akwarium odczyn pH jest kwaśny występuje mniej amoniaku, a więcej jonów amonowych. Gdy jednak mamy akwarium, w którym do prawidłowego rozwoju ryb potrzeba pH alkalicznego np. powyżej 8, wtedy w akwarium pojawia się o wiele więcej amoniaku. Dlatego też decydując się na hodowlę tęczanek czy pyszczaków z Malawi, powinniśmy bacznie śledzić poziom amoniaku. Co więcej taki sam poziom amoniaku, w akwarium o odczynie kwaśnym, może być śmiertelny w akwarium o odczynie alkalicznym. Krótko mówiąc amoniak jest o wiele niebezpieczniejszy niż jony amonowe. Dalej dzięki bakteriom Nitrosomonas związki te przetwarzane są w Azotyny. Ostatnim produktem cyklu azotowego w akwarium jest przemiana Azotynów na Azotany. Są one najmniej szkodliwe, a ich stężenie możemy zaobserwować poprzez bujny wzrost glonów. Azotany są wykorzystywane przez rośliny do budowy białek. Dlatego też do ich pozbycia się używa się najczęściej roślin, które bardzo szybko rosną co wiąże się oczywiście z absorbowaniem tych związków do bodowy tkanek. Rzadko wspominanym w literaturze czy w prasie jest również biologiczny rozkład azotanów przez bakterie. Proces ten nazywa się anaerobowym, co w biologicznym znaczeniu oznacza bez tlenu. Bakterie rozkładające NO3 żyją w strefach ubogich w tlen i jego niedobór uzupełniają poprzez rozkład azotynów na wolny dwucząsteczkowy azot uwalniany do atmosfery i tlen, z którego korzystają.
Nagromadzenie się amoniaku bądź jonów amonowych świadczy o niestabilności biologicznej w akwarium. Spowodowana ona może być wczesnym wpuszczeniem dość dużej ilości ryb do zbiornika. Stabilność biologiczną może zachwiać przerybienie, czy chociażby zbyt obfite karmienie. Oprócz tego powodem może być płukanie wkładów filtracyjnych w wodzie wodociągowej, która dzięki zawartości chloru natychmiast zabija nagromadzone dotychczas bakterie. Warto również zwrócić uwagę na wielkość powierzchni do osiedlenia się bakterii, aby nie była zbyt mała.